Am 4. April 2018 durchsuchten Mitglieder der örtlichen Polizei, des Geheimdienstes (BIN), der mobilen Brigade der Polizei (BRIMOB) und der Militäreinheit Kodim 1701 Jayapura mehrere Häuser im Wohngebiet Perumnas III Waena im Heram-Viertel von Jayapura. Die Häuser wurden von Studenten der Cenderawasih Universität in Jayapura bewohnt. 45 Studenten wurden verhaftet. Anschließend wurden die Studierende in das Hauptquartier der BRIMOB in Kota Raja gebracht und später in der Polizeiwache des Bezirks Jayapura inhaftiert. Zwei Studenten wurden zur Polizeistation Abepura gebracht.

Ein Team von Menschenrechtsverteidigern verschiedener örtlicher Organisationen beobachtete die Inhaftierung der Studenten bei der Unterbezirkspolizei Jayapura, um sicherzustellen, dass die Polizeibeamten die Gefangenen während des Verhörs nicht foltern würden. Der Leiter der Papua-Vereinigung für Menschenrechtsanwälte für Papua (PAHAM Papua) erklärte in einem öffentlichen Interview mit "Guardian Australia", dass Angehörige der Sicherheitskräfte gegen einige Studenten unnötige körperliche Gewalt angewendet hätten. Die Polizeibeamten verhafteten die Studenten ohne ordnungsgemäße Haftbefehle und nicht in Übereinstimmung mit indonesischen Strafverfolgungsrichtlinien.

 Mindestens acht der verhafteten Studenten waren Mitglieder des West Papua National Committee (KNPB), einer indigenen politischen Bewegung, die sich für das Selbstbestimmungsrecht der Papua einsetzt. Unter den Verhafteten befand sich auch der KNPB-Sekretär Ones Suhuniap. Der Leiter der Bezirkspolizei Jayapura, Gustav Urbinas, erklärte, dass die Verhaftungen durchgeführt wurden, nachdem Angehörige des Geheimdienstes ein Flugblatt gefunden hatten, das Informationen über eine Erklärung zur Vorbereitung einer West-Papua-Republik enthielt. Der Vorsitzende des KNPB, Viktor Yeimo, bestritt jedoch jegliche Beteiligung seiner Organisation an der Erklärung.

43 Studenten, die in der Polizeiwache des Bezirks Jayapura inhaftiert waren, wurden am folgenden Tag freigelassen, während die beiden Studenten in Abepura (Polsek Abepura) in der Polizeiwache des Bezirks blieben. Sie werden wahrscheinlich im Zusammenhang mit dem angeblichen Diebstahl mehrerer Motorräder strafrechtlich belangt. Bei der Hausdurchsuchung beschlagnahmte die Polizei 35 Motorräder sowie Laptops, eine Morgensternfahne und andere politische Embleme.