Am 27. November 2018 hat die indonesische Generalstaatsanwaltschaft die Akten von neun mutmaßlichen Menschenrechtsverletzungen erneut an die Nationale Menschenrechtskommission (KOMNAS HAM) zurückgeschickt. Die Fälle wurden von KOMNAS HAM untersucht und wiederholt der Generalstaatsanwaltschaft zur weiteren Bearbeitung vorgelegt. Zu den Fällen zählen zwei schwerwiegende Menschenrechtsverletzungen in Westpapua, nämlich die Fälle in Wamena (4. April 2003) und Wasior (13. Juni 2001). Die Generalstaatsanwaltschaft hat die Akten mit der Begründung zurückgeschickt, dass die Beweise in allen neun Fällen angeblich nicht ausreichen, um ein Gerichtsverfahren einzuleiten. Der Vorsitzende von KOMNAS HAM, Ahmad Taufik Damanik, erklärte in einem öffentlichen Interview mit dem indonesischen Nachrichtenmagazin TEMPO, dass die Untersuchungsberichte ohne Anweisungen für ein weiteres Vorgehen zurückgesandt worden seien.

Das nationale Verfahren zur rechtlichen Bearbeitung von Fällen von Völkermord und Verbrechen gegen die Menschlichkeit ist im Gesetz 22/2000 über Menschenrechtsgerichte festgelegt. Gemäß den Abschnitten 4 und 5 des Gesetzes hat KOMNAS HAM das Mandat, einen Fall zu untersuchen und dem Generalstaatsanwalt diesbezüglich einen Bericht vorzulegen. Der Generalstaatsanwalt prüft diesen Bericht legt ihn einem Ad-hoc-Gericht für Menschenrechte vor, wenn die Akten die rechtlichen Voraussetzungen für ein Gerichtsverfahren erfüllen. In Wirklichkeit funktioniert dieser nationale Mechanismus nicht. Seit 2002 werden die neun Fälle zwischen KOMNAS HAM und der Generalstaatsanwaltschaft ohne Fortschritte hin und her geführt.

Am 3. Mai 2017 wurde die Menschenrechtssituation in Indonesien zum dritten Mal im Rahmen des Universal Periodic Review, einem Mechanismus des Menschenrechtsrats der Vereinten Nationen in Genf, überprüft. Die indonesische Regierungsdelegation erklärte, dass drei Fälle von Menschenrechtsverletzungen in den Provinzen Papua und Papua Barat - nämlich die Fälle in Wasior, Wamena und Paniai - als schwere Menschenrechtsverletzungen identifiziert wurden. Außenministerin Retno Marsudi erklärte vor der internationalen Gemeinschaft, dass diese Fälle im Rahmen nationaler Menschenrechtsmechanismen unter Beteiligung von KOMNAS HAM und der Generalstaatsanwaltschaft bearbeitet werden. Keiner der Fälle wurde bis heute bearbeitet.