Schon vor der Entdeckung der Insel durch Europäer gab es Handelskontakte nach Westen. Die Bewohner der Nord- und Westküste waren Seefahrer, die mit den im Westen gelegenen Inseln Handel trieben. Es gab allerdings auch sehr viel Seeräuberei.

1351   Es soll auf der Insel Misol, einer der Raja-Ampat-Inseln, ein islamisches Königreich Waigama gegeben haben.
1511   Der portugiesische Seefahrer Antonio d’Abreu erreicht die Aru-Inseln an der Südwest-Küste.
1526   Der Portugiese Jorge de Meneses erreicht die Nordwestküste. Er soll den Inseln den Namen „Ilhas dos Papuas“ gegeben haben.
1534   belagerten die Portugiesen Tidore. Dem bedrängten Sultan soll eine große Flotte von Papua-Kriegsbooten zur Hilfe gekommen sein, so dass es ihm gelang, die Portugiesen zu vertreiben. Nach der Legende soll die Papua-Flotte unter dem Kommando des kühnen Seefahrers und Helden Kura Besi gestanden haben. Er wurde der Schwiegersohn des Sultans, ein Herrscher von gleichem Rang.
1545   segelte der Portugiese Inigo Ortiz de Retes an der Nordküste entlang. Da ihn die Küste an das westafrikanische Guinea erinnerte, gab er ihr den Namen „Neu Guinea“.
1569   wird in Berichten von Jesuiten der Besuch eines Papua-Fürsten (Raja Papua) auf der nordmolukkischen Insel Bacan erwähnt. Dieser Fürst muss von Misol oder/ und Waigeo gekommen sein.
1616   Am 9. Juli ankern die Seefahrer Le Maire und Schouten vor Biak. Sie kamen vom Osten (um Kap Horn herum) und sollten im Auftrag der „Australischen Compagnie“ der VOC Konkurrenz machen. Seitdem werden diese Inseln Schouten-Eilanden genannt.
1623   Der niederländische Seefahrer Jan Carstensz entdeckt von der Südküste aus einen schneebedeckten Gipfel, der fortan nach ihm „Carstenszspitze“ genannt wird. Die Indonesier gaben dem Gipfel den Namen „Puncak Jaya“, mit 5027 m ü.M. der höchste Berg Südostasiens. Erst 1907 wurde der Gipfel von Teilnehmern einer Expedition unter H.A. Lorenz bestiegen.
1667   Die Ostindische Kompanie schließt einen Vertrag mit dem Sultan von Tidore. Neuguinea wird ihm unterstellt. Als Gegenleistung muss er die europäische Konkurrenz aus den Molukken fernhalten.
1775   errichtete ein britischer Händler namens Thomas Forrest eine Niederlassung im heutigen Manokwari und nannte sie Fort Albion. Doch die Papua zerstörten die Gebäude.
1793   Der britische Kapitän Heyes kommt nach Manokwari und gründet eine Niederlassung, die er Fort Coronation nannte Während der Konfrontation der Briten mit den Niederländern wurde die Siedlung wieder aufgegeben.
1810-1816         
  stand Niederländisch Indien ganz unter britischer Verwaltung. In jener Zeit wurde der Linksverkehr eingeführt.
1828   baute der niederländische Resident der Molukken an der Südküste Papuas in der Tritonbucht in der Nähe des heutigen Kaimana ein Fort, das er Fort Du Bus nannte. Bei der feierlichen Eröffnung des Forts am 24.8.1828 wurde erstmals der 141. Längengrad als Begrenzung des niederländischen Gebietes in Richtung Osten genannt. Wegen des ungesunden Klimas und des fortdauernden Widerstandes der Bevölkerung musste diese erste Niederlassung der Niederländer schon nach 7 Jahren wieder aufgegeben werden.
1848   wurde niederländische Anspruch auf West-Neuguinea bis zum 141. Längengrad noch einmal offiziell im Namen des Sultans von Tidore wiederholt.
1855   Die beiden ersten Missionare Johann Gottlob Geißler und Carl Wilhelm Ottow gehen auf der Insel Mansinam bei dem heutigen Manokwari an Land. Die beiden waren deutsche Handwerkermissionare, durch Pfarrer Goßner in Berlin ausgebildet und durch Pfarrer Heldering in den Niederlanden ausgesandt.
1865   Die Niederländische Regierung beansprucht erstmals West-Neuguinea bis zum 141. Längengrad.
seit 1891  

regelmäßige Schiffsverbindung der KPM (Königlich-Niederländische Paketfahrt-Gesellschaft) an die wichtigsten Küstenorte West-Papuas.

1894   kam der Jesuit Cornelis le Cocq d’Armandville von Seram nach Fak-Fak. Er taufte bei seinem 10-tägigen Besuch gleich 73 Menschen. Erst 1895 gründete er eine Missionsstation in Kapaur, Ayer Besar, östlich von Fak-Fak. Er setzte den Protestanten Chr. Pelletimu als Lehrer ein. Nach einem Jahr wurde die Station wieder aufgegeben, weil Le Cocq plötzlich starb.
1898   Erste Niederlassung der niederländischen Regierung in Manokwari, fast gleichzeitig werden Regierungszentren in Fakfak und Merauke gegründet.
1902   errichtete die Katholische Kirche das Apostolische Vikariat von Niederländisch Neuguinea. Es wurde als gesondertes Vikariat abgetrennt vom Vikariat Batavia und stand unter der Leitung des Apostolischen Präfekten Mgr. Dr. Matthias Neijens. Dieser hatte seinen Sitz in Langgur auf den Kei-Inseln.
1905   gründete der Orden vom Heiligen Herzen Jesu die Station Merauke. Die ersten Missionare waren Melchior Oomen and Dion. van Roessel (als Ordensbrüder) und die Väter H. Nollen und Phil. Braun.
1900-1912   Die sogenannte „Militärische Expedition“ zur Erforschung der KüstengebieteWest Papuas erforscht die Nordküste. Entlang der Flussläufe wird auch das Hinterland der Küste erforscht, so z.B. das Mamberamo-Flussgebiet.
1920   Manokwari wird der Sitz des niederländischen Residenten. West Papua ist „Residenz“ (Verwaltungseinheit) und untersteht also nicht mehr dem Residenten von Ambon. Dieser Status wird schon 1924 wieder aufgegeben und das Gebiet wieder dem Residenten von Ambon unterstellt.
um 1920   gab es auch je einen niederländische Regierungsposten in Sorong, Bosnik und Hollandia. Babo wird unter einem ambonesischen Regierungsbeamten eröffnet.
1927   Errichtung eines Internierungslagers in Boven Digoel (Tanah Merah, Merauke) für Gefangene nach den kommunistischen Aufständen auf Java und Sumatra.
1934   Gründung der Molukkisch-Protestantischen Kirche (GPM) mit Gemeinden in Merauke und Fakfak.
1935   Gründung der Niederländisch-Neuguinea-Petroleum-Gesellschaft, die in Klamono bei Sorong mit der ersten Ölbohrung beginnt.
1936   Der Pilot Leutnant Wissel entdeckt aus der Luft die Pania-Seenplatte. Die Seen wurden nach ihm „Wisselmeere“ genannt. Von jetzt an landeten hier regelmäßig Wasserflugzeuge.
1938   gibt es in West-Papua 15 niederländische und 60 indonesische Regierungsbeamten, dazu 400 meist ambonesische Polizeibeamte und 200 Papua-Hilfspolizisten.
1938   Die amerikanische Archbold-Expedition erforscht das Hochland und entdeckt das Balimtal. Man landete mit Wasserflugzeugen auf dem Archbold- und Habbema-See und auch auf dem Balimfluss.
7.12.1942   Überfall der Japaner auf Pearl Habour
1943-44   Besetzung weiter Teile Neuguineas durch die Japaner .Merauke und Port Moresby können von den Alliierten gehalten werden.
1943   Blutige Unterdrückung der Koreri - Bewegung auf Biak durch die Japaner
22.4.1944   Eroberung von Hollandia durch die Amerikaner unter MacAthur
15.8.1945   Kapitulation Japans
17.8.1945   Ausrufung der Unabhängigkeit Indonesiens durch Sukarto und Hatta. Die Zugehörigkeit West-Papuas zu Indonesien ist zwischen Sukarno und Hatta strittig.