1944   Eröffnung der „Oberschule für Jungen“ (JVVS) in Joka (Waena) unter der Leitung von I.S.Kijne, eine Fortsetzung der alten Schule von Miei, die von den Japanern geschlossen worden war.
1946   West Papua wird wieder eine selbständige „Residenz“ (Verwaltungseinheit). Erster Resident ist Jan van Eechoud. Der Biaker Frans Kasiepo und andere Papua fordern, dass alle Ambonesen Papua verlassen. Von Eechoud eröffnet eine Verwaltungs- und eine Polizeischule für Papua.
1946   Malino – Konferenz bei Makassar (16. – 22 Juli) Vorbereitung einer indonesischen „Föderation“ durch die Niederländer. Erstmals wird der Name Irian für West Papua von dem Biaker Frans Kasiepo gebraucht.
1946   Verbannung von dr. Ratulangi mit Freunden nach Serui. (bis 1948). Er macht Propaganda für die Republik Indonesien. Einer seiner Anhänger: Silas Papare
Jan.1947     Gründung der Partai Kemerdekaan Irian Indonesia durch Silas Papare.
14.3.1948   Anti-Niederländischer Aufstand in Biak von Ambonesen und Papua, bei dem ein Niederländer ermordet wird.
27.12.1949   Anerkennung der Unabhängigkeit Indonesiens durch die Niederlande. Runde-Tisch-Konferenz: West Papua bleibt Kolonie der Niederlande. Über den politischen Status soll später verhandelt werden.
8.2.1950   Ankunft von Gouverneur S.L.J.van Waardenburg in Hollandia
25.4.1950   Ausrufung der Republik der Südmolukken (RMS) im Zusammenhang mit dem Aufstand in Ambon. Blutige Niederschlagung des Aufstandes durch die Zentralregierung in Jakarta im November 1950
1952   Erste indonesische Infiltranten auf der Insel Gag bei Sorong
24.4.1953   J. van Baal übernimmt das Amt des Gouverneurs
1954   Landung amerikanischer Missionare mit einem Wasserflugzeug auf dem Balimfluss in der Nähe von Hitigima (20. April).
1955   Indonesisch-niederländischen Gespräche in Genf, u.a. über West-Neuguinea. Es kommt keine Einigung zustande.
1956   Die niederländische Verwaltung eröffnet einen Regierungsposten im Balimtal in der Nähe von Wamena. Aufstand der Ekari in Obano
1956   Gründung der Evangelisch-Christlichen Kirche (Gereja Kristen Injili = GKI) in West-Neuguinea (26. Oktober)
1.5.1958   P. J. Platteel wird Gouverneur
1959   Beginn der Missionsarbeit der GKI in Wamena durch Pfr. Zeth Rumere. Die GKI lädt die Vereinte Evangelische Mission (früher Rheinische Mission) ein, mit der Missionsarbeit im Yalimo-Gebiet zu beginnen. Diese Arbeit wird 1960/61 aufgenommen.
1960   Ankunft der Missionare Paul-Gerhard Aring, Siegfried Zöllner und Dr. Willem H. Vriend in West Papua.
24.3.1961   Ankunft von Zöllner und Vriend im Dorf Piliam im Yalimo-Gebiet. Aufbau der Station Angguruk
April 1961   Wahl und Einsetzung des Neuguinearates durch die niederländische Regierung. Die Niederlande versprechen, das Land bis 1970 zur Unabhängigkeit zu führen.
1.12.1961   Der Neuguinearat beschließt eine eigene nationale Flagge (die Morgensternflagge), eine Nationalhymne und eine eigenen Währung für „Papua Barat“ (West Papua)
19.12.1961   Trikora-Befehl Sukarnos: Ganz Indonesien muss West Papua vom niederländischen „Kolonialjoch“ befreien. Seitdem militärische Überfälle auf West Papua, die sogenannten „Infiltrationen“. Sie führen dazu, dass viele holländische Familien in die Niederlande zurückkehren.
15.8.1962   Unterzeichnung des New Yorker Vertrages durch Indonesien, die Niederlande, die Vereinigten Staaten von Amerika und die Vereinten Nationen. Niederländisch Neuguinea wird zunächst an Indonesien übertragen. Doch die Unterzeichner verpflichten sich, nach spätestens sieben Jahren ein Referendum in West Papua durchzuführen, bei dem die Bevölkerung auch das Recht hat, sich gegen den Anschluss an Indonesien zu entscheiden.
1.10.1962   Übergabe der Verwaltung West Papuas durch die niederländische Regierung an die UNTEA (United Nations Temporary Executive Authority). Es etabliert sich bereits eine indonesische Verwaltungshierarchie.