1.5.1963 Übergabe der Verwaltung von der UNTEA an die Republik Indonesien, Rückzug der UNO.
1963 Gründung der OPM (= Organisasi Papua Merdeka = Organisation für ein freies Papua). Die wichtigsten Führer der OPM mussten ins Ausland fliehen. Seitdem führt die OPM unter verschiedenen regionalen Kommandeuren einen bewaffneten Kampf auf niedrigem Niveau gegen die indonesische Besetzung von West Papua.
28.7.1965 Angriff der OPM unter Führung von Permenas „Ferry“ Awom auf die indonesische Militärkaserne in Manokwari. Der Aufstand dauert einen Monat, Indonesien verstärkt die Truppen, vermutlich ca. 1000 Tote auf Seiten der Papua. Die ind. Armee beginnt die sog. Operation Sadar. Indonesische Soldaten töten Frau und Kinder von Ferry Awom.
30.9.1965 Staatsstreich in Jakarta, Sechs Generäle werden ermordet. Doch die Armee kann sich organisieren und beginnt eine maßlose Kommunistenjagd. Man schätzt dass ca. 1 Million Menschen umgebracht wurden.
1967 Erste Verträge des Bergbauunternehmens Freeport mit der indonesischen Regierung zur Ausbeutung der Kupfervorkommen im zentralen Bergland. Später wird von Seiten der Papua immer wieder betont, die indonesische Regierung habe zu diesem Zeitpunkt noch kein Recht gehabt, solche Verträge abzuschließen, weil der „Act of Free Choice“ noch nicht stattgefunden habe.
März 1968                General Suharto wird vom Volkskongress (MPR) zum Präsidenten gewählt.
1968 Die Front Pembebasan Papua Barat wird gegründet, Leiter ist Clemens Runawery, bald werden alle Mitglieder und Sympathisanten gefangen genommen.
1968 Die Vereinten Nationen bereiten sich vor auf ihre Mitwirkung bei der Durchführung des „Act of Free Choice“ und ernennen den Bolivianischen Diplomaten Ortiz Sanz zu ihrem Beauftragten.
24.2.1969 Die Provinzhauptstadt Sukarnapura wird umbenannt in Jayapura
14.4.1969 Innenminister General Amir Machmud besucht West-Papua und wird von ca 1000 Demonstranten empfangen, die „One man one vote“ fordern. Die Polizei verhaftete mindestens 100 Demonstranten.
27.4.1969 Aufstand in Enarotali (westl. Hochland) unter Beteiligung von Papua-Polizisten. Alle Flugpisten werden gesperrt. Das Flugzeug, mit dem General Sarwo Edhie in Enarotali landen wollte, wurde beim Landungsversuch beschossen. Militäroperation mit Fallschirmtruppen, viele Tote.
14.7.-2.8.1969 Durchführung des „Act of Free Choice“, bei dem 1025 von der indonesischen Regierung handverlesenen Wahlmänner für den Anschluss West Papuas an Indonesien stimmen mussten. Inzwischen wird allgemein anerkannt, das die Abstimmung eine Farce war und die indonesischen Regierung mit voller Unterstützung der UNO das New York Agreement verletzt hat.
19.11.1069 Die Vollversammlung der UNO nimmt den Bericht über den „Act of Free Choice“ ohne Gegenstimmen mit 30 Enthaltungen zur Kenntnis, eine Gruppe afrikanischer Länder bringt zwei Änderungsanträge ein, die aber abgelehnt werden.
1.7.1971 Die OPM ruft unter ihrem Anführer Seth Rumkorem in der sog. Markas Viktoria im Hinterland von Jayapura die Unabhängigkeit West Papuas aus. Seitdem ist auch der 1. Juli so etwas wie ein Nationalfeiertag der Papua. Auch an diesem Tag hat es im Laufe der Jahre immer wieder Demonstrationen gegen Indonesien und Verhaftungen seitens der ind. Sicherheitskräfte gegeben.
17.8.1971 Beginn der Sog. Operasi Koteka = Operation Penisköcher durch Panglima Acub Zainal. Binnen kürzester Zeit sollen Menschen im Hochland gezwungen werden, Textilkleidung zu tragen.
Acub Zainal lässt Ferry Awom ermorden.
1975 PNG wird unabhängig
1977 Unruhen im Balimtal. Das Militär geht brutal gegen die Dani vor. Einsatz von Bombern, man schätzt, dass es 10.000 Tote gab.
26.4.1984 Ermordung des Anthropologen Arnold Ap auf Befehl der indonesischen Regierung Flucht von ca. 10.000 Papuas aus dem Westteil Neuguineas nach Papua New Guinea.
1988 Erschließung der Grasberg Mine
1991 Erweiterung der Freeport - Konzession auf 2,6 Mill. Ha., gültig für 30 Jahre
April 1992 Übergabe eines Berichtes über Menschenrechtsverletzungen an die Kirchengemeinschaft Indonesiens (PGI) mit dem Titel: „Für Gerechtigkeit und Frieden“. Der Bericht wurde von der GKI erstellt, wurde aber im Ausland nie bekannt, da die PGI seine Veröffentlichung verhinderte.
1995 Veröffentlichung des Berichts über Menschenrechtsverletzungen im Umfeld der Kupfermine „Freeport“ bei Timika durch Bischof Munninghoff
1996 Spektakuläre Geiselnahme von 25 Wissenschaftlern aus verschiedenen Ländern durch Kelly Kwalik in Mapnduma (Januar), Tod von Dr. Thomas Wanggai im Gefängnis in Jakarta (13.3.), Aufstände und Unruhen in Timika, Abepura und Nabire.
10.5.1998 Rücktritt / Sturz Präsident Suhartos, Vizepräsident Baharuddin J. Habibie wird zum Präsidenten vereidigt.