Nach dem Niedergang der Ostindischen Compagnie zeigten sich immer häufiger britische Handels- und Erkundungsschiffe in der Region. 1775 errichtete ein britischer Händler eine Niederlassung im heutigen Manokwari und nannte sie Fort Albion. Doch die Papua zerstörten die Gebäude. Von 1810 – 1816 stand Niederländisch Indien ganz unter britischer Verwaltung. In jener Zeit wurde der Linksverkehr eingeführt, der in Indonesien bis heute gilt. Die Briten wie auch später die Niederländer bestätigten den Anspruch des Sultans von Tidore auf das westliche Papua – allerdings unter der Oberhoheit des niederländischen Residenten auf den Molukken. Um den Anspruch seines Landes auf Neuguinea gegenüber den Briten zu bekräftigen, baute dieser 1828 an der Südküste in der Tritonbucht in der Nähe des heutigen Kaimana ein Fort, das er Fort Du Bus nannte. Doch wegen des ungesunden Klimas und des fortdauernden Widerstandes der Bevölkerung musste diese erste Niederlassung der Niederländer schon nach 7 Jahren wieder aufgegeben werden. Bei der feierlichen Eröffnung des Forts am 24.8.1828 wurde erstmals der 141. Längengrad als Begrenzung des niederländischen Gebietes in Richtung Osten genannt. Erst fast 70 Jahre später einigten sich England und die Niederlande auf diese so völlig willkürlich gezogene Grenze, die bis heute ein schweres koloniales Erbe darstellt. Danach – 1898 - eröffneten die Niederlande je einen Regierungsposten in Manokwari und Fakfak. Die Kolonialverwaltung entwickelte nun neue Aktivitäten. Sie versuchten Kriege und Fehden unter der Bevölkerung zu unterbinden und führten eine ganze Reihe wissenschaftlicher Expeditionen durch, die zur Befriedung und Erschließung des Landes beitrugen.