Am 5. Februar 1855 waren auf der kleinen Insel Mansinam in der Nähe des heutigen Manokwari die beiden ersten protestantischen Missionare, die beiden Deutschen Carl W. Ottow und Johann G. Geißler, an Land gegangen. Ottow starb schon nach sieben Jahren. Sein Grab befindet sich neben vielen anderen Gräbern von Missionaren, ihren Frauen und Kindern, auf einem kleinen Friedhof in Manokwari. Das ungesunde Klima forderte viele Opfer. Geißler starb einigen Jahre später im ersten Heimaturlaub. Die Arbeit wurde von holländischen Missionaren fortgesetzt und auch von der Kolonialregierung geschätzt und anerkannt. Hatten doch die ersten Missionare schiffbrüchige Europäer gerettet! Die Missionsarbeit, die fast 50 Jahre lang nur auf die westliche Nordküste beschränkt blieb, begann erst um die Jahrhundertwende Früchte zu zeigen. Zu Anfang des 20. Jahrhunderts blühte sie auf und in wenigen Jahren hatten fast alle Dörfer an der Nordküste einen christlichen Lehrer, eine Schule und eine Kirche. Auf Drängen der Bevölkerung entwickelte die Mission ein Bildungssystem von Dorfschulen, höheren Schulen und Fachschulen, das von der Kolonialregierung anerkannt und unterstützt wurde und das im Laufe der Jahre eine Schicht gut ausgebildeter Papua hervorbrachte. Die zarten Anfänge einer Mitsprache und Mitverantwortung führender Papua für ihr Land wurden durch die japanische Besetzung im 2. Weltkrieg zunichte gemacht. Als Indonesien 1945 unabhängig wurde, blieb West Papua unter niederländischer Verwaltung. In den 50er Jahren übernahmen Papua Schritt für Schritt Aufgaben in der Verwaltung, im Bildungs- und Gesundheitswesen, in Polizei und Militär. Die evangelische Kirche gründete sich als eigenständige Organisation, losgelöst von der holländischen Mission. Die Niederlande wollten dem Wunsch der Papua entsprechend ihre Kolonie nicht an Indonesien übergeben, sondern sie in enger Absprache mit den Vereinten Nationen in die Unabhängigkeit führen. Am 1. Dezember 1961 tagte der erste Volkskongress der Papua, beschloss eine eigene Flagge und eine Nationalhymne und legte als Datum für die Unabhängigkeit das Jahr 1970 fest.