Mit Erklärung ihrer Unabhängigkeit hatten die Papua den Zorn des indonesischen Staatspräsidenten Sukarno herausgefordert. Sukarno hatte den Anspruch auf „Irian“, wie er West Papua nannte, nie aufgegeben. Knapp drei Wochen später hielt er eine Rede – unter dem Namen Trikora bekannt – , in der er das indonesische Volk aufforderte, sich zu mobilisieren und „Irian“ vom kolonialen Joch der Niederländer zu befreien. Militärische Scharmützel folgten. Dann begann eines der beschämendsten Kapitel westlicher Diplomatie: West-Papua wurde unter dem Druck John F. Kennedys, des Präsidenten der USA und unter Mithilfe der UNO an Indonesien übergeben, ohne dass die Papua um ihre Meinung gefragt wurden. Sie durften auch nicht anwesend sein, als am 15. August 1962 in New York ihr Schicksal durch die Unterschriften einiger mächtiger Politiker besiegelt wurde. Sieben Jahre später hatte dieser New Yorker Vertrag noch ein böses Nachspiel: Laut Vertrag durften die Papua in einem freien Referendum – das unter UNO-Aufsicht stattfinden sollte – entscheiden, ob sie bei Indonesien bleiben oder lieber in einem eigenen Staat leben wollten. Sukarno und sein Nachfolger Suharto hatten inzwischen ihre Militärdiktatur auf West-Papua fest etabliert. Führende Papua waren aus ihren Ämtern entfernt, geflohen oder ermordet. Indonesien hatte erkannt, welche Bodenschätze das Land barg, Gold, Silber, Kupfer, Erdöl, Erdgas, Holz. Für Indonesien war eine Freigabe West Papuas nicht mehr denkbar. So wurde das Referendum manipuliert. Von den Indonesiern handverlesene, eingeschüchterte und bestochene Wahlmänner mussten für Indonesien stimmen. Die UNO-Aufsicht war nur eine Farce. Bis heute fordern die Papua nicht nur eine ehrliche Aufarbeitung dieses dunkelsten Teils ihrer Geschichte, sondern auch die Unabhängigkeit. Die 30 Jahre der Diktatur Suhartos waren gekennzeichnet von zahllosen Menschenrechtsverletzungen, denen Zehntausende Papua zum Opfer fielen. Hunderttausende Indonesier strömten ins Land und bildeten die Oberschicht in Verwaltung, Handel und Industrie. Die einheimischen Papua litten schweigend. Nach dem Rücktritt Suharto wollten seine Nachfolger im Präsidentenamt das politische Problem durch die Gewährung einer Sonderautonomie lösen. Doch wie so oft in Indonesien wurde zwar ein gutes Gesetz gemacht, die Regierung selbst beachtete es jedoch nicht und enttäuschte die Papua wieder zutiefst. Viele intellektuelle Papua hatten an dem Gesetz mitgearbeitet und große Hoffungen darauf gesetzt, dass sie ein wenig mehr Selbstverwaltung würden praktizieren können. Die Regierung hatte jedoch Angst, das reiche Papua könnte ihr abhanden kommen, und unterminierte selbst das Gesetz. Sie schickte immer mehr Militärs nach Papua, wegen angeblicher Konflikte.
Doch die Papua haben eine Kampagne ausgerufen, die sie Papua – Land des Friedens nennen. Sie wollen den Kampf um ihre Unabhängigkeit mit friedlichen Mitteln lösen. Als die UNO den 21. September zum internationalen Tag des Friedens erklärte, organisierten die Religionsgemeinschaften im Jahr 2002 für diesen Tag erstmals einen Friedensmarsch, der vom Parlamentsgebäude in Jayapura zum Polizeipräsidium führte. Stationen waren eine evangelische und eine katholische Kirche und eine Moschee. Auch Buddhisten und Hindu beteiligten sich an dem Marsch. An jeder Station wurden Gebete für den Frieden gesprochen. Möge diesem Land nach so viel Leid und Tränen der Friede erhalten bleiben.