Das Verfahren gegen den polnischen Staatsbürger Jakub Fabian Skrzypski und den papuanischen Angeklagten Simon Magal hat am 14. Januar 2019 vor dem Bezirksgericht in Wamena, Jayawijaya Regency in der Provinz Papua, begonnen. Beide Männer wurden wegen Verrats (Artikel 53 des indonesischen Strafgesetzbuches KUHP), wegen des Versuchs einer Straftat (Art. 55 KUHP) und wegen Begehung, Anordnung oder Teilnahme an einer Straftat (Artikel 107 KUHP) angeklagt. Der Prozess wurde zweimal verschoben, weil Jakub Skrzypski sich weigerte, an der Gerichtsverhandlung teilzunehmen. Seine Anwälte erklärten, er sei in einen Hungerstreik getreten und kritisiere die schlechten Bedingungen während der Inhaftierung in der Polizeiwache Jayawijaya. Skrzypskis Bitten, den Prozess in die Stadt Jayapura zu verlegen und dass ein polnischen Dolmetscher zur Verfügung gestellt wird, wurden von den Richtern abgelehnt.
Einer der Anwälte verlas am 7. Februar 2019 eine Erklärung in der stand, dass Skrzypski durch die Zellentürbarren geschlagen und von einem Polizeibeamten während der Inhaftierung auf der Polizeiwache angespuckt worden sei. Skrzypski zufolge ereignete sich der Vorfall am 30. Januar 2019. Skrzypski sagte, dass der Offizier ein Hemd der mobilen Polizeibrigade (BRIMOB) getragen und angeblich gedroht hätte, ihn zu töten. Der Polizeichef von Jayawijaya, Tonny Ananda, bestritt die Vorwürfe und behauptete, Skrzypski versuche, die Professionalität der indonesischen Polizei in Frage zu stellen. Er fügte hinzu, dass der polnische Bürger unter besonderen Bedingungen inhaftiert sei und nur zugelassene Beamte Zugang zu ihm hätten.
Die Polizei von Wamena hatte Skzypski und drei papuanische Männer am 25. August 2018 gegen 12.20 Uhr beim Militärstützpunkt Napua in Wamena verhaftet. Er wurde zur Polizeiwache des Bezirks Wamena gebracht, ungefähr zwei Stunden lang verhört und dann entlassen. Am nächsten Tag verhafteten ihn Polizeibeamte erneut in seinem Hotel in Wamena. Am 27. August 2018 wurde er nach Jayapura gebracht und im Polizeirevier inhaftiert.
Die Polizei soll bei seiner Festnahme Munition gefunden haben. Darüber hinaus habe das Handy von Skrzypski belastende Videos und Fotos enthalten, die ihn mit Mitgliedern der bewaffneten Widerstandsbewegung TPN-OPM aus Papua zeigten. Die Polizei vermutet, dass er einen Waffenhandel mit Mitgliedern der Separatistenbewegung organisiert habe. Jakub Skrzypski bestreitet, dass die Polizei während seiner Festnahme Munition gefunden hatte und behauptet, Papua als Touristen besucht zu haben.
